הפרעות תפקודיות של מערכת העיכול נובעות מבעיה בתפקוד המערכת ולא במבנה שלה. יותר קל להבין ולהתייחס לבעיה במבנה, היות ומדובר בבעיה מוחשית. דוגמאות לבעיות במבנה הן סרטן (במעי הגס, בקיבה, בלבלב, בכבד), כיב (אולקוס) בקיבה או בתריסריון, או דלקת (בוושט, במעיים). לעומת זאת הבעיות התפקודיות הן מופשטות יותר. יתכן, למשל, ליקוי בתנועתיות של המעיים שגורם לאי-סדירות ביציאות. כמוכן יכול להיות סף רגישות נמוך  לכאב, הגורם לתחושת כאב בטן כרוני. שתי התופעות האלו, תנועתיות לקויה וסף רגישות נמוך לכאב, שאינן מאובחנות בבדיקות השגרתיות שחולים עוברים, מהוות ייסוד להבנת ההפרעה ובסיס לטיפול בה.
ההפרעות התפקודיות של מערכת העיכול שייכות לסוג של מחלות כרוניות, ועל כן חלק חשוב מהטיפול מיועד לשיפור באיכות חיי החולים. חלק חשוב נוסף מבחינת ההבנה והטיפול בהפרעות תפקודיות של מערכת העיכול הנו העברת מידע אמין למטופל.
הפרעות אלו מתחלקות לשני סוגים עיקריים. דרך הקישורים הנ"ל ניתן ללמוד יותר על דרכי האבחנה ואפשרויות הטיפול השונות:
לאחרונה יצא לאור ספר חדש בנושא תסמונת המעי הרגיש - "לוקח לבטן במקום ללב?" מאת פרופ' עמי ספרבר, יועץ לשירות להפרעות תפקודיות במכוננו. למידע נוסף, לחץ/י כאן.
לחץ כאן למידע נוסף מאתר האיגוד הנוירוגסטרואנטרולוגי. | 
